Allora, io sono stato solo a Vienna e Praga, e ti consiglio di visitarle entrambe! Potresti passare 2 giorni a Vienna (che ti bastano per visitarla) e gli altri 3 a Praga, che è a sole 4 ore di treno da Vienna!
Altrimenti se vuoi andare in una sola delle due ecco un "confronto":
-Vienna, stupenda, molto più composta e rigorosa di Praga, non ti aspettare vita notturna, ma ha il suo fascino. Se ti piace l'arte e l'architettura è perfetta per te, consigliatissimi il museo Kunsthistorisches, il palazzo della Secessione, e il castello di Schonbrunn. Non è molto economica. Per quanto riguarda il trasporto, il mezzo migliore per arrivarci è in treno, le ferrovie austriache OBB effettuano un collegamento notturno da Roma, Firenze, Bologna, Milano, Venezia (e altre città intermedie), che costa 30 € per il posto a sedere e 45 per la cuccetta, l'ho preso più volte e ti posso dire che il servizio è impeccabile!;
-Praga, è una città molto bella e romantica (più di Vienna), le attrazioni turistiche sono molte, ma la maggior parte delle persone ci vanno per la vita notturna e per divertirsi. Praga è una delle mete europee meno costose per il cambio valuta favorevole. La compagnia aerea AirOne fa dei voli abbastanza economici (sui 40-50 €) per Praga da molte città italiane.